Vingt deux ans avant la bataille de Yavin, un complot est organisé par un mystérieux individu. Depuis le blocus de la planète Naboo par la Fédération du commerce, la République, gouvernée par le Chancelier Palpatine, connaît une véritable crise. Un groupe de dissidents, mené par le sombre Jedi comte Dooku, manifeste son mécontentement envers le fonctionnement du régime. Le Sénat et la population intergalactique se montrent pour leur part inquiets face à l’émergence d’une telle menace. Certains sénateurs demandent à ce que la République soit dotée d’une solide armée pour empêcher que la situation ne se détériore davantage. Parallèlement, Padmé Amidala, devenue sénatrice, est menacée par les séparatistes et échappe de justesse à un attentat. Le Padawan Anakin Skywalker est chargé de sa protection. Son maître, Obi-Wan Kenobi, part enquêter sur cette tentative de meurtre et découvre la constitution d’une mystérieuse armée de clones…

La sénatrice Amidala
Alors que la République se voit minée par les divisions de toutes parts (entre sénateurs, et même entre Jedi), l’ancienne reine de Naboo, désormais sénatrice Amidala est victime d’un attentat, auquel elle échappe grâce au subterfuge utilisé lors de sa régence, à savoir la présence permanente d’une doublure. Cet tentative d’assassinat fut perpétrée alors que la sénatrice ne cessait de clamer son opposition à la création d’une armée au service de la République. L’attentat ayant lieu le jour même où la décision devait se voter (la constitution de cette armée sera finalement approuvée par le Sénat quelques temps plus tard). Suite à ces évènements, Amidala fit l’objet d’une protection rapprochée, assurée par de vieilles connaissances de celle-ci, le chevalier Jedi Obi-Wan Kenobi et son apprenti Anakin Skywalker.
Petit Anakin est devenu grand
Le jeune enfant de 9 ans de la guerre de Naboo a bien grandi, et à l’âge de 20 ans n’a rien perdu de sa fougue bien au contraire. Obi-Wan connaît toutes les peines du monde à maîtriser l’impatience chronique de son Padawan, qui s’il s’avère incroyablement doué, se voit régulièrement tourmenté par les démons de son passé (l’abandon de sa mère sur Tatooine) et ses sentiments du présent (son amour pour Amidala). Anakin succombera finalement aux deux (il retrouve sa mère morte et extermine ses assassins et leur progéniture ; il se marie secrètement avec Amidala) preuve d’une incapacité flagrante à maîtriser ses émotions, ce qui le pousse déjà peu à peu vers le côté obscur.

Obi-Wan découvre la conspiration
Alors qu’il découvre sur la planète Kamino l’existence d’une armée de clones prête à servir, sans que le Sénat n’ait encore approuvé le projet, Obi-wan est attaqué par un chasseur de primes du nom de Jango Fett. Le Jedi échappe à son agresseur et le prend en chasse, ce qui le mène jusqu’à la planète Geonosis, connu pour son industrialisation extrême. Là, le chevalier Jedi découvre les préparatifs de la Confédération des systèmes indépendants contre la République. Pire, cette conspiration serait menée par un Jedi dissident, le comte Dooku.

Obi-Wan, bien que fait prisonnier, se voit secourir par Anakin et Amidala qui préviennent le Sénat et le Conseil des Jedi. La découverte de la conspiration précipite l’adoption de la loi militaire octroyant l’attribution d’une nouvelle armée à la République (en l’occurrence l’armée de clones créée sur Kamino). Grâce à cette armée, la République put ainsi remporter la première bataille de la Guerre des Clones, la bataille de Geonosis, écrasant les forces ralliées à Dooku (composées essentiellement de droïdes). Mais l’une des conséquences graves de cette bataille fut la perte de nombreux chevaliers Jedi, affaiblissant l’Ordre de manière non négligeable. Le seul véritable bénéficiaire de ces évènements semble être le Chancelier Palpatine, qui mine de rien dispose à présent d’une puissante armée sous ses ordres, et toute la légitimité nécessaire pour la commander. La Guerre des Clones peut dorénavant faire rage.