Sur la ville planète de Coruscant, capitale galactique, le sénat impose des taxations sur des routes commerciales sur plusieurs Bordures. 
La Fédération du commerce, qui se fait déjà attaquer par des pirates, prend très mal cette décision et impose un blocus total à la paisible planète Naboo. Des jedis sont envoyés pour résoudre le litige et entamer des négociations. Ces deux Jedi sont Qui Gon Jinn et Obi Wan Kenobi.

Mais en réalité, la Fédération à un autre objectif que l’arrêt des taxations. Elle essaie alors d’éliminer les Jedis mais sans succès. Les deux chevaliers prennent donc la route du centre de commandement du vaisseau sur lequel ils sont et tentent de retrouver Nute Gunray, le Vice-roi de la Fédération du commerce. Les Jedis, dépassés par les forces de l’ennemi, s’enfuient donc et se réfugient dans les transports de troupes d’invasion destinés à envahir Naboo.

Une fois sur la planète, les Jedis font la connaissance de Jar Jar Binks, un gaffeur-né Gungan, qui a été banni par les siens. Il propose alors à Qui Gon et Obi Wan de les mener à Otho Gunga, la ville subaquatique de Jar Jar. Là bas, Binks est très mal reçu et se fait emprisonner tandis que les deux Jedis négocient un moyens de transport et la libération de Jar Jar.

Le trio s’en va alors vers Theed, capitale de Naboo, par le noyau de la planète, et se fait prendre en chasse par différentes créatures gigantesques du monde sous-marin. Arrivés à bon port, les deux Jedis parviennent à libérer la reine Amidala et à la convaincre de quitter sa planète envahie pour plaider sa cause au sénat galactique, sur Coruscant.

Lors de la fuite le vaisseau se fait endommager et ils sont obligés de s’arrêter sur Tatooine pour trouver les pièces à remplacer. Qui Gon découvre alors un jeune humain du nom d’Anakin Skywalker, esclave d’un gérant nommé Watto. Le jeune garçon est sous le charme de la jeune suivante, Padmé (qui est en fait la reine de Naboo) tandis que Qui Gon tente de se procurer les pièces. Anakin propose donc à Qui Gon de parier avec Watto sur la course de la Bounta Eve. Watto et le Jedi arrive à un accord : si Anakin gagne, Qui Gon remporte les pièces et Watto garde les gains de la victoire. En cas de défaite Watto garde le vaisseau de Qui Gon. Avant le départ Watto et Qui Gon font un nouveau pari: si Ani gagne, il retrouve sa liberté et le module de course sera à Watto. Après une course acharnée Ani parvient à remporter la course.

Qui Gon peut partir et Anakin viendra avec lui pour devenir Jedi. Mais en arrivant au vaisseau Qui Gon est attaqué par Dark Maul, un seigneur Sith. Arrivé à Coruscant, la reine frustrée par la corruption et l’incapacité du sénat propose une motion de censure du chancelier suprême Valorum. Elle repart sur sa planète et organise un plan à haut risque : les gungans devront se battre contre toute l’armée de la Fédération pendant que les chasseurs stellaires tenteront de détruire le vaisseau amiral droide de la Fédération.

Le plan est prêt quand Dark Maul refait surface et attaque les deux Jedis. Quant à Anakin, il est parti involontairement vers le lieu de la battaille stéllaire.La reine réussit donc la capture de Nute Gunray. Anakin parvient à détruire le vaisseau amiral. Mais Obi-wan et Qui-Gon continuent de se battre contre Maul. Après des minutes de luttes, Obi-wan se retrouve coincé derrière une barrière énergétique et assiste impuissant à l’assassinat de de son maître. La barrière désactivé, Obi-wan se bat avec rage et finit par térrasser Dark Maul en le tranchant en deux avec le sabre laser de son maître. Il accède donc au grade de chevalier Jedi et prend le jeune Anakin sous son aile…